Используя новейшие достижения молекулярной биологии и статистические подходы, исследователи из Центра изучения рака Норриса Коттона в Дартмуте выявили функциональную роль двух модификаций ДНК в тканях с глиобластомой. Одна из них - 5hmC - связана с выживаемостью пациентов.
Глиобластома – редкий, но смертельный тип рака, развивающийся в головном мозге. Ежегодно в США подтверждаются 12 000 новых случаев, а инфильтративный характер делает заболевание трудно поддающимся лечению.
Одна из искаженных молекулярных особенностей глиобластомы – неисправная эпигенетическая регуляция. Эпигенома влечет за собой изменения в ДНК, которые диктуют, какие гены выключаются в пределах определенного типа клеток. Дефекты способствуют возникновению рака, а текущие методы прогнозирования опухоли мозга пациентов основаны на эпигенетических опухолевых подтипах. Тем не менее, эпигенома является сложным феноменом, и есть недавно обнаруженные эпигенетические маркеры, которые еще не изучены.
Во главе с Броком Кристенсеном, доктором философии, доцентом эпидемиологии в школе медицины Дартмута, исследователи получили новую информацию, анализируя профиль нескольких модификаций ДНК, 5-метилцитозин (5mC) и 5-гидроксиметилцитозин (5-HMC), в наборе из 30 глиобластом. «У нас возник интерес в детализации функциональной роли различных модификаций ДНК в здоровых и больных тканях, – говорит Кристенсен. – Мы обнаружили, что определенные генотипы ДНК, 5mC и 5hmC, нарушаются в глиобластоме и характеризуют молекулярные переключатели генома. Важно отметить, что генная сигнатура 5hmC связана с выживаемостью пациентов». Доклад опубликован в «Nature Communications».
Предыдущие технические ограничения не позволяли ученым одновременно изучать уровни 5mC и 5hmC с высоким разрешением в геноме рака. В Дармутском исследовании используются последние достижения молекулярной биологии и статистические подходы, в том числе технологии исследовательского вычислительного кластера Дартмута, чтобы определить уровни различных модификаций ДНК в критических областях генома. «Наша работа посвящена влиянию эпигенома при раке и подчеркивает функциональную роль 5hmC», – объясняет Кристенсен.
Это первое исследование о распределении 5hmC в глиобластоме и ее связи с выживаемостью пациентов. Данные свидетельствуют о том, что будущее отображение эпигенома в опухолях головного мозга улучшит прогноз и поможет назначить лечение.
Источник medicalxpress.com/news/2016-11-territory-dna-modifications-glioblastoma
Комментарии
Пока комментариев нет
Новый комментарий