Пытаясь разработать простой и недорогой способ прогнозирования развития рака мочевого пузыря, ученые обнаружили, что новые методы субтипирования, разработанные для этого, предоставляют неполную информацию.
Исследователи рассмотрели несколько наборов данных о раковых образцах от пациентов с мышечно-инвазивным раком мочевого пузыря с высоким уровнем смертности. Они включали набор, который использовался для определения молекулярных подтипов. Было обнаружено, что молекулярное субтипирование опухолей мочевого пузыря, которое в настоящее время предлагается пациентам, хуже стандартных анализов, которые долгое время использовались патологами для характеристики рака и определения степени его инвазии в стенку мочевого пузыря.
«Мышечно-инвазивный рак мочевого пузыря агрессивен, у него часто очень плохой прогноз, - говорит доктор Вината Б. Локешвар, заведующая кафедрой биохимии и молекулярной биологии в Медицинском колледже Университета Августы. - Генетическое профилирование опухоли пациента определенно имеет ценность, позволяя находить факторы роста и метастазирования, которые помогают направлять лечение, но использование этой информации для подтипа опухолей, по-видимому, не добавляет диагностической или прогностической ценности для пациентов».
Исследователи предполагают, что необходимы дополнительные исследования, прежде чем молекулярные подтипы будут использовать при лечении пациентов. Развивающиеся диагностические подходы включают составление банков данных по экспрессии генов и мутациям, присутствующим в типе рака, чтобы найти модели экспрессии генов, которые затем используются для подтипа опухолей, которые патологически похожи, но отличаются молекулярно.
РНК-секвенирование и Федеральный банк данных генетического материала широкого спектра раковых заболеваний позволили исследователям изучить экспрессию генов в конкретном типе опухоли. Два подтипа, люминальный, который прогнозирует лучшую выживаемость, и базальный, который предсказывает плохой прогноз, были впервые идентифицированы для мышечно-инвазивного рака мочевого пузыря, и в настоящее время появилось шесть подтипов. Первая статья о подтипах мышечно-инвазивного рака мочевого пузыря была опубликована в журнале Nature в 2014 году.
Но в поиске более простого, более дешевого и доступного анализа исследователи обнаружили, что эти подтипы не влияли на обычные клинические параметры, такие как степень опухоли и ее распространение на лимфатические узлы или кровеносные сосуды. Они обнаружили 11 генов, которые были общими во всех методах классификации подтипов и назвали новую панель подтипов MCG-1. Вместо дорогостоящего секвенирования РНК они использовали легкодоступный метод количественной ПЦР с обратной транскрипцией стоимостью менее 10 долларов, который также учитывает экспрессию генов и фактически используется для проверки данных секвенирования.
Сначала они изучили группу 52 пациентов с раком мочевого пузыря, 39 из которых имели мышечно-инвазивное заболевание. Они обнаружили, что MCG-1 был только на 31-36% точным в прогнозировании таких важных показателей, как вероятность метастазирования, выживаемость при заболевании и общая выживаемость, то есть выживаемость ото всех причин смерти с момента установления диагноза рака.
Признавая, что набор данных, который они использовали, был сравнительно небольшим и без секвенирования РНК, затем они проанализировали три набора данных пациентов из базы ONCOMINE с данными 151 пациента с мышечно-инвазивным раком мочевого пузыря, и также использовали секвенирование РНК, чтобы посмотреть на экспрессию генов.
«Мы обнаружили то же самое: MCG-1 не мог спрогнозировать смертность от конкретного заболевания», - говорит Локешвар.
Затем они посмотрели на набор данных Атласа генома рака или TCGA. TCGA - это проект Национального института рака и Национального института исследований генома человека, который начался в 2006 году и собрал генетический материал для 33 различных видов рака. Набор данных включает в информацию о патологии на 402 образцах от пациентов с мышечно-инвазивным раком мочевого пузыря. Он также включает общую выживаемость этих пациентов и безрецидивную выживаемость.
В этом наборе данных MCG-1 спрогнозировал общую выживаемость, сходную с данными, полученными по подтипам в нескольких публикациях. «Нам стало интересно, почему MCG-1 не мог ничего спрогнозировать в нашей когорте или наборе данных ONCOMINE, но показал общую выживаемость в наборе данных TCGA», - говорят исследователи.
Стандартные параметры патологии, такие как инвазия в лимфатические узлы или кровеносные сосуды, были более точными. Недавнее исследование, проведенное учеными из шведского университета Лунда, опубликованное в журнале Urologic Oncology, подтверждает выводы исследователей. Их исследование 519 пациентов, у которых был удален мочевой пузырь из-за рака, подтвердило, что подтипы не связаны с выживаемостью, специфичной для рака. Отчасти проблема может быть связана с неоднородностью опухолей. Существует выраженная гетерогенность в экспрессии генов опухолей, даже среди опухолей одного и того же типа, таких как рак мочевого пузыря, а также в разных частях одной и той же опухоли.
Источник: https://www.sciencedaily.com/releases/2019/12/191213115401.htm
Комментарии
Пока комментариев нет
Новый комментарий